|
|
Vliv kovů v potravinářství na bakteriální virulenci
Pavezka, Pavel
Bakalářská práce se zabývá problematikou přenosu genů rezistence β-laktamových antibiotik pomocí horizontálního přenosu genů, konkrétně pomocí transformace. Řeší způsob přenosů genů rezistence přes trofický řetězec, kdy následně Escherichia coli může způsobovat alimentární onemocnění. Dále poukazuje na aktuální rizika vzniku rezistence na β-laktamová antibiotika a alternativní způsob náhrady antibiotik za komplex železa spolu s antibiotikem. Experimentální část demonstruje antibakteriální účinek komplexu Fe16+AMP na ampicilin-rezistentní bakteriální kmen E. coli CCM 4225 a citlivý kmen E. coli CCM 3953. U těchto vzorků byla experimentálně stanovena minimální inhibiční koncentrace. Byly také pozorovány morfologické změny po expozici komplexu Fe16+AMP na E. coli CCM 3953 pomocí rastrovacího elektronového mikroskopu cryo-SEM. Rovněž byl zkoumán přenos rezistence na modelové bakterii E. coli TOP10 transformací a ověřen pomocí polymerázové řetězové reakci PCR a gelové elektroforézy. Na základě výsledků bylo prokázáno, že komplex Fe16+AMP působí inhibičně na bakterii E. coli CCM 3953 a nemá signifikantní vliv na horizontální přenos plazmidů pomocí transformace.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy
Labanava, Anastasiya ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice horizontálního přenosu genetických elementů mezi bakteriemi různých kmenů a implementaci softwarové analýzy, která umožní identifikaci genů, přenesených horizontálně. Použité balíčky a nástroje byly testovány na datasetu genomů bakterií několika kmenů. Teoretická část práce je věnována detailnímu popisu přenosu genetických elementů mezi bakteriemi a také jsou v ní popsány některé moderní laboratorní techniky umožňující sekvenaci genomů různými způsoby. V praktické části se práce zabývá předzpracováním genomických souborů za účelem získání vhodného formátu dat pro následnou anotaci. Pro detekci horizontálního přenosu genetických komponent mezi jednotlivými bakteriemi je představen vlastní skript, který anotované baktérie seřazuje do tabulek a hledá v jejích genomech stejné geny, které dle teoretických předpokladů byli přeneseny horizontálním způsobem. Dále je detekovaný přenos genů vizualizován pomocí nástrojů, které graficky znázorňují fylogenetické vztahy mezi bakteriemi. V posledním kroku jsou mobilní genetické elementy vizualizovány pomocí sítí a na základě jejich statické analýzy je provedena diskuse k výsledkům přesnosti a úspěšnosti navrhnuté analýzy.
|
|
|
Analýza repetic v genomech vybraných druhů modrásků rodů \kur{Polyommatus} a \kur{Lysandra}
HRUBÁ, Monika
Tato bakalářská práce se zabývá studiem mobilních elementů, které by mohly mít vliv na fragmentaci karyotypu u řádů Polyommatus a Lysandra (Lepidoptera). Přítomnost vybraných repetic v genomech 15 vybraných druhů modrásků byla testována metodou PCR. Stejná metoda byla také použita k detekci studovaných elementů u 13 vybraných druhů mravenců, protože mezi mravenci a myrmekofilními modrásky by mohlo docházet k horizontálnímu přenosu genů. Vybrané mobilní elementy byly lokalizovány na pachytenních jádrech pomocí fluorescenční in situ hybridizace. Výsledky této práce naznačují mozaikovitou distribuci repetic v rámci fylogenetických vztahů zkoumaných modrásků, která by mohla být částečně vysvětlena šířením mobilních elementů mezidruhovým křížením a horizontálním přenosem mezi studovanými rody Polyommatus a Lysandra.
|
|
|
Přenos genetické informace mezi parazitem a jeho hostitelem
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Horizontální genový transfer (HGT) je považován za vzácnou evoluční událost. Může probíhat mezi nepříbuznými organismy, které koexistují v intimním symbiotickém vztahu. Takový vztah mají někteří paraziti se svým hostitelem. HGT mezi eukaryotickým parazitem a jeho hostitelem byl identifikován u~některých holoparazitických i hemiparazitických rostlin, nejvýznamnějších protozoárních parazitů člověka, hmyzomorek, lidských krevniček, parazitoidů a~octomilek.
|
|
|
Enterococcus spp. jako rezervoár genů rezistence.
Zajíčková, Adéla ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Balíková Novotná, Gabriela (oponent)
Bakterie rodu Enterococcus se řadí mezi běžné nozokominální patogeny. Jsou významným rezervoárem genů rezistence k velké většině antibiotik a vykazují přirozenou odolnost k nízkým hladinám betalaktamů, glykopeptidů, aminoglykosidů, dále ke streptograminům a linkosamidům. Náplní této práce je shrnutí hlavních genů rezistence a dalších mechanismů podílející se na vývoji odolnosti bakterií tohoto rodu k antibiotikům. Práce se zabývá především odolností k betalaktamovým antibiotikům, která je zajišťována expresí a mutacemi v nízkoafinitních PBPs, dále jednotlivými van rezistenčními typy zprostředkovávající odolnost k vankomycinu a expresí enzymů schopných modifikovat funkční skupiny aminoglykosidových antibiotik. V práci jsou také popsány odolnosti k novějším antibiotikům, která jsou využívána k léčbě vankomycin rezistentních izolátů. Odolnost k jednotlivým antibiotikům může být založena na kódování vlastních chromozomálních genů či celých signalizačních drah vedoucí k omezení účinku antibiotik, získání mutací v genech, a hlavně šíření nových rezistenčních genů horizontálním přenosem.
|
|
|
Genomic analysis of the evolution of phototrophy among haloalkaliphilic Rhodobacterales.
KOPEJTKA, Karel
This RNDr. thesis presents results of a research focussed on the evolution of phototrophy in the bacterial order Rhodobacterales. Genomes of three closely related haloalkaliphilic representatives, differing in their phototrophic capacity and oxygen preference, were sequenced. A comparative genomic analysis revealed close homology of photosynthetic proteins and similarity in photosynthesis gene organization among the studied phototrophic species. The main conclusion of the thesis is that the last common ancestor of all haloalkaliphilic members of the Rhodobacter-Rhodobaca group inside the Rhodobacterales clade was phototrophic
|
|
|
Genome analysis of the haloalkaliphilic bacterium Rhodobaca barguzinensis
KOPEJTKA, Karel
This PhD thesis presents results of a research focussed on the evolution of phototrophy in the bacterial order Rhodobacterales with a special regard to its haloalkaliphilic representatives. The photoheterotrophic bacterium Rhodobaca barguzinensis alga05 was used as an organism of choice. Its phylogeny, genome organization, and metabolic potential was characterized. The main result of the thesis is that phototrophy is a genuine trait among the haloalkaliphilic representatives of the Rhodobacter-Rhodobaca group inside the Rhodobacterales clade.
|
|
|
Legionella Becoming a Mutualist: Adaptive Processes Shaping the Genome of Symbiont in the Louse Polyplax serrata
ŘÍHOVÁ, Jana
Genomic modifications coupled with the first known transition of a Legionella bacterium to symbiosis with insects (louse Polyplax serrata). Apart from characteristics typical for other obligatory symbionts in insect (genome reduction), the main innovation of the genome consists in horizontal acquisition of complete biotin operon. Comparative genomic analysis with free living legionellae and other symbiotic bacteria demonstrates convergent evolution of several phylogenetically unrelated louse symbionts.
|
host ::
RSS.